Masamune Shirow's Spøgelse i skallen er bedst kendt for at tackle transhumanisme og filosofier om bevidsthed. Transhumanisme er ideen om, at mennesker kan udvikle sig forbi, hvad deres egne kroppe og sind kan tilbyde ved hjælp af videnskab og teknologi. Gennem øjnene på seriehovedpersonen Makoto Kusanagi, alias Major, kan seerne se, hvordan disse ideer kan påvirke samfundet. Et videospil baseret på konceptet passer perfekt til franchisen, så længe en solid historie kan bakke det op.
TIL Spøgelse i skallen Tredjepersons oplevelse vil give spillerne mulighed for at kontrollere majoren, da hun skalerer højhøjderne i et cyberpunk Japan, og løser sager for den offentlige sikkerhed, sektion 9. Efter en kort vejledning ville handlingen sparke rundt om en ny virtual reality-teknologi det ser ud til at stjæle spillernes bevidsthed og efterlader deres kroppe katatonisk. Da majoren allerede er helt cybernetisk, og hendes 'spøgelse' eller sjæl ikke er fremmed for bevægelige former, er hun den primære kandidat til at vove sig ind i denne teknologi og afdække mysteriet.
Gennem overgangen fra den fysiske verden til den digitale verden ville den metaforiske linje mellem hvem 'spilleren' i spillet være sløret. I virkeligheden kontrollerer spilleren Makoto uanset hvad, men det fortællende kaninhul går dybere som spiller kontrollerer Makoto kontrollerer sig selv. De dybere spørgsmål ville ikke begynde at opstå, før spillets midtvejs er, da den virtuelle verden spilleren rejser i fungerer som et dynamisk miljø, skifter vejr og fjender, som det ønsker.
Efterhånden som spillet skrider frem, vil spillere støde på mennesker, hvis bevidsthed blev stjålet, og de forklarer, hvordan der ikke er meget forskel mellem den virtuelle verden og deres egen. Spillere kan stille spørgsmålstegn ved og endda hjælpe disse mennesker med at afdække mere af deres historie og den omkringliggende historie. Dialogmulighederne fungerer som stykker til den større idé, at uanset hvilken skal folk bebor, er deres spøgelse det, der opfatter deres virkelighed. Det farespor, Makoto følger, fører hende til spillets vigtigste antagonist og en åbenbaring, som spilleren ikke kan se komme.
Endelig ville det være spillets skaber at konfrontere kuratoren for denne farlige VR-verden som en bosskamp, der mindre handler om en fysisk konkurrence og mere om en idékamp. Efterhånden som teknologien fortsætter med at udvikle sig, mener skaberen, at alle sjæle fortjener en chance for et bedre liv inden i maskinen, mens Makoto mener, at de samme sjæle fortjener det valg. I sidste ende ville Makoto besejre skaberen og befri de mennesker, der blev fanget fra spillet. Nogle frigjorte spillere vil være glade for at være tilbage i virkeligheden, mens andre ikke ønsker mere end at vende tilbage til den verden.
Den tankebøjende handlingshistorie ville slutte med ideen om, at menneskeheden ofte leder efter en flugt fra deres virkelighed, men det er i sidste ende deres valg, hvor længe de vil have deres 'sjæle' til at forblive i deres perfekte verden. Ideen ville tjene som en metakommentar for teknologiens fremgang, da den bliver mere et middel til escapisme. Spøgelse i skallen er franchisen til at tale om det voksende videospil og teknologikultur, og hvordan det langsomt ændrer landskabet for, hvordan folk lever og interagerer. Et spil med de grundlæggende ideer om fri vilje og escapisme ville byde på en tankebøjende fortælling om emnet, der ville holde spillerne i samtale i de kommende år.
