Seriens skabere Carter Bates og Craig Thomas vidste præcis, hvordan de ville have det Hvordan jeg mødte din mor for at afslutte, selv filmoptagelser med Teds børn år før showet blev afsluttet. Med denne udfordring måtte Bates og Thomas udfylde hullerne mellem piloten og finalen, mens afslutningen var intakt. Men da serien voksede og karaktererne udviklet sig, den forud planlagte finale føltes sur for mange fans, der fulgte showet fra starten, og der blev fremsat et andragende, der krævede en omskrivning.
Frustrationen begyndte med premieren på Hvordan jeg mødte din mor er den sidste niende sæson. Showrunners besluttede at tage en helt anden tilgang med sæson 9; i stedet for at få det til at spille over et helt år med begivenheder, var det baseret på de tre dage, der førte til og med Barney og Robins bryllup. Mens sæsonen fik blandede anmeldelser fra publikum, var det seriens finale, der skabte det største oprør. De sidste to episoder gik den sædvanlige sitcom-slutrute og viste, hvor rollebesætningen ville være i fremtiden ved at give uddrag af deres liv. Dette viste også, at Tracy McConnell aka The Mother døde fra ukendte årsager. Da episoden sluttede, så seerne Ted og Tracy under deres allerførste møde, hvilket førte til Ted i 2030 efterbehandling af den langvarige saga om, hvordan han mødte hende.
Historien slutter dog ikke der. Omkring starten af sæson 2 filmede Lyndsy Fonseca og Luke Henry - skuespillerne, der portrætterede Luke og Penny Mosby - finalescenerne for at opretholde teenageaktørernes alder, da det var tid for showet at afslutte. På grund af dette, Hvordan jeg mødte din mor sluttede med, at børnene indså, at hele historien blev fortalt til dem, så de kunne give deres far tilladelse til at date Robin, fordi han er forelsket i hende. De gav ham tilladelse, og serien slutter, da den startede, hvor Ted stod foran Robins lejlighed og holdt en blå tuba og bad hende om at give ham en chance.
Årsagen til, at dette frustrerede mange seere, var fordi serien ved flere lejligheder hentydede til, at Robin og Ted ikke træner. De daterede kun en sæson, før de slog det af og forsøgte derefter at genoplive forholdet igen år ned ad linjen for kun at indse, at de har det bedre fra hinanden. Mange fans krævede, at dette skulle genkobles af denne grund såvel som det faktum, at serien tilbragte år med at opbygge en meget bedre kærlighedshistorie med Barney og Robin, der smeltede hjerterne, mens Ted og Robins hele forhold blev blot en eftertanke.
Det var først med udgivelsen af den alternative afslutning, at fans var lidt tilfredse. Det udelukker moderens død og scenerne med Teds børn fuldstændigt. Det viser Ted ved hans bryllup omgivet af sine venner med Teds stemmeoversigt, der opsummerer rejsen og endda henviser til det faktum, at Barney og Robin kommer sammen igen, mens den virkelige afslutning kun gav publikum en delt nikke. Denne alternative afslutning er den, som fans fortjente og havde brug for at se, og de fleste tror, det er den sande.
Hvordan jeg mødte din mor var ikke den første serie med en skuffende afslutning, og det var bestemt ikke den sidste, da den blev efterfulgt af de katastrofale finaler af Game of Thrones og Supernatural som den dag i dag stadig jages for en omskrivning af deres sidste sæsoner. På trods af dette kan publikum stadig nyde den tur, der er Hvordan jeg mødte din mor, givet de finder den 'alternative slutning' for at afslutte den på en tilfredsstillende tone.