Det Transformere filmserien var et vendepunkt i Megan Foxs karriere. Det var den største rolle, hun landede i sin spirende vej til stjernestatus og syntes at det ville føre hende til en permanent placering på Hollywood A-listen. Fox forlod dog franchisen efter den anden film.
Fox spillede Mikaela Banes, elsker interesse for Shia LaBeoufs Sam i Michael Bay-instrueret film. De to kæmpede side om side med Autobots, da de onde Decepticons forlod deres hjemplanet og truede Jordens velbefindende. I slutningen af den anden film erklærede Mikaela og Sam deres kærlighed til hinanden. Men ved Transformers: Dark of the Moon , Sam var sammen med en ny pige ved navn Carly (Rosie Huntington-Whiteley), og Foxs karakter var fraværende.
Michael Bay har aldrig haft et godt ry som Hollywood-instruktør; han er blevet beskyldt for at være unødigt krævende med sin rollebesætning og besætning på hvert sæt. I et 2009-interview med Wonderland Magazine , Gik Fox berygtet på pladen og sprængte Bay. Hun fortalte publikationen, at Bay ønskede at opretholde sit krævende omdømme og slået ned på scenen og gå så langt som at sammenligne ham med Hitler. Ifølge Kosmopolitisk , Spielberg , der var producent på Transformer serie, fangede vind af kommentaren og foreslår Bay fyrer hende
I et 2011 GQ interviewfremmende Dark of the Moon svarede instruktøren på hendes kommentarer ved i det væsentlige at børste dem af. Han sagde, at Fox kunne lide at få en stigning ud af mennesker og altid gjorde det på den forkerte måde. Bay forsvarede sig selv og sagde, at han simpelthen krævede, at hans skuespillere skulle dukke op til tiden og lejlighedsvis arbejde lange dage på scenen.
Efter at være fyret, blev Fox noget af en pariah i Hollywood i en periode. I Kosmopolitisk interview, delte Fox sin fortrydelse for hendes opførsel og sagde, at det var det laveste punkt i hendes karriere. Hun var ung - bare 23 - og troede, at hendes handlinger var retskafne. Men når man ser tilbage, siger hun, at det var en massiv læringsoplevelse, der satte hendes karriere på en helt anden bane end den, hun tidligere var på. I stedet for at blive A-Lister troede mange, at hun ville være, bosatte Fox sig i en mere afslappet karriere. Hun havde en birolle i Judd Apatows Det her er 40 og en tilbagevendende rolle i hit sitcom Ny pige . Men hvis hændelsen med Bay aldrig var sket, er det muligt, at Fox ville have fået flere ledende roller i film og tv-shows.
Megan Foxs oplevelse skraber bare overfladen af de mørke elementer ved at arbejde i Hollywood - en fejltagelse og en skuespiller kan kastes ud. Men sølvbeklædningen er, at Fox lærte af fortiden og synes at være i fred med, hvor hendes karriere er. Tilfældigt fortsatte Fox og Bay med at arbejde sammen igen, omend på en indirekte måde. Fox medvirkede i genstart Teenage Mutant Ninja Turtles film, som blev produceret af Bay.
