I løbet af republikkens sidste dage blev den Star wars universet fik et massivt slag mod lysets side af styrken. I en hurtig kommando aktiverede kejser Palpatine ordre 66. Protokollen blev implanteret via chip i hver soldat i klonhæren og tvang soldaterne, når de var aktiveret, til at henrette alle Jedi i deres nærhed. The Great Jedi Purge bragte et stort antal Jedi til hvile og sluttede med deres død alle missioner og mysterier, der stadig var tilbage for at blive afsluttet.
Af alle de Jedi, der faldt på den skæbnesvangre dag, virkede ingen så brutale som Aayla Securas død på Felucias livlige planet. Star Wars Episode III: Revenge of the Sith viser den unge Twi'lek, der bliver skudt ned af sin klonbataljon. Desværre, da hun faldt, blev hun distraheret af en fugl og ude af stand til at reagere. Skuddet dvæler dog et par sekunder til og viser klonerne fortsætte med at skyde på hendes inaktive krop. Mange spørgsmål er opstået fra hendes forfærdelige død, da fans forsøger at finde ud af, hvorfor klonerne virkede så koldblodige over for hende.
I lighed med hendes mester, Quinlan Vos, valgte Secura at gå sin egen vej, mens hun adlyder Jedi-ordenen. Dette blev vist i hendes valg af tøj og den måde, hvorpå hun svingede sin lyssværd med et omvendt greb. Secura brydde sig dybt om sin herre, som var enestående stærk i styrken. Mange teoretikere mener, at hun også var umådelig stærk i styrken. Hvis dette var tilfældet, kunne årsagen til, at klonerne skød hende ned, have været at sikre, at hun ikke rejste sig for at påføre enorme skader med sine evner.
De fleste af Securas eventyr viser hende ikke at bruge nogen enorm styrke i styrken under klonkrigene. Alligevel er det fuldt ud muligt, at hendes evner ikke havde manifesteret sig fuldt ud endnu. Alternativt kunne hendes styrke være blevet kanaliseret gennem hendes kampevne, der udnyttede lyssværdkamp Form IV og Form V og inkluderede en overflod af akrobatik og stødende bevægelser med stor hastighed.
En anden teori, der blev præsenteret, var stærkt knyttet til Securas forhold til hendes klonbataljon. På grund af de mange år, som Jedi tilbragte med deres klontropper, blev der dannet mange bånd mellem de to grupper. Nogle af de bedste eksempler inkluderer kaptajn Rex og Ahsoka Tano eller kommandør Cody og Obi-Wan Kenobi. Med denne logik har klonerne muligvis kontinuerligt fyret på Secura, fordi de huskede den historie, de delte med hende og ønskede at sikre, at hendes død var hurtig og smertefri. Hvis det er sandt, ville det gøre deres sidste handling som klontropper til en af de mest barmhjertige af udrensningen.
Aayla Secura var en af de mest medfølende Jedi i ordenen. På grund af dette er hendes voldelige ende blevet betragtet som en af de mest brutale i Great Jedi Purge. Securas død repræsenterer også den hurtige og kirurgiske ødelæggelse, som kejseren havde til hensigt at opnå. Det tager meget at dræbe en Jedi, og endda Anakin Skywalker i Fantomtruslen troede ikke, det var muligt at besejre dem alle. Imidlertid beviste kejseren ham forkert ved at udslette næsten hver eneste af dem på én gang.
Næsten alle Jedis død kom hurtigt og voldsomt. Under begivenheden var nogle af de sidste følelser, som overlevende Force-brugere følte, forræderi og smerte. Selv Securas død nåede ud til Yoda, som på det tidspunkt var på en helt anden planet. Den nøjagtige årsag til, at klonerne fyrede så mange gange på Secura, er stadig et mysterium. Ikke desto mindre har dette mysterium gjort det muligt for fans at komme sammen endnu en gang for at spekulere i de mange andre mysterier i Star Wars-universet.
