Falder mellem den anden og tredje prequel-film, Star Wars: The Clone Wars detaljerede den konflikt, der ville rokke galaksen til dens fundament. I sidste ende, som fans er meget opmærksomme på, var plottet af Darth Sidious om at underminere Jedi og republikken og tage kontrol over alt vellykket. I løbet af krigen kom en person imidlertid tættere på at gøre op med sine planer end nogen anden, selvom hun ikke var klar over det på det tidspunkt.
Padmé Amidala blev introduceret til fans i Star Wars: Phantom Menace som den valgte dronning af Naboo. Efter at have afsluttet sin periode som dronning fortsatte hun med at tjene sin planet som repræsentant i det galaktiske senat på Coruscant. Hun fortsatte med at spille en nøglerolle i installationen af Sheev Palpatine, som var senator for Naboo, da hun sad på tronen, som den nye kansler. Desværre for galaksen førte han et dobbelt liv under dække af Darth Sidious.
Idet man huskede, at den rolle, hun spillede i Palpatines planer i bedste fald var ubevidst, blev Padmé også en vigtig komponent i forsøget på at afslutte krigen med separatisterne. Hun troede fast på, at kampen var et no-win-scenario for begge sider, og at diplomatiske midler var den eneste måde at stoppe konflikten på. Padmé havde ret, fordi krigen blev arrangeret af Palpatine, der i hemmelighed kørte begge sider af slaget.
Under hele krigen ville Padmé finde nye måder at kæmpe mod krigen i Senatet. Hun oprettede regninger, der ville begrænse udgifterne til deres store hær i republikken, da den forværrede gæld på begge sider af konflikten svækkede deres respektive positioner meget. Padmé gik også imod Senatets ordrer og forbandt sig med en ven fra separatisterne, Mina Bonteri, som også ønskede fred. Hvis dette havde pannet ud, ville det have afsporet Palpatines hele plan.
Virkeligheden var, at Padmés forskellige fredsinitiativer næsten næsten lykkedes. Palpatine og hans flunkies måtte gå til ekstreme forholdsregler for at forhindre hende i at stramme deres operationer, herunder da grev Dooku planlagde og udførte mordet på Bonteri og derefter indledte et angreb på Coruscant for at underminere fredsforhandlingerne.
Ironisk nok var alt, hvad Padmé gjorde for at forsøge at stoppe krigen, uendeligt mere effektiv end noget Jedi prøvede. De formodede fredsbevarere lod sig trække ind i en kostbar konflikt, der blev rigget mod dem fra starten, og al deres indsats spillede lige i Sith Lords hænder. Det var en plan, de burde have været i stand til at opfatte gennem styrken, men de blev blændede af deres egen arrogance.
Havde Jedi været i stand til at komme forbi deres hubris, har de måske før realiseret en plan i bevægelse omkring dem. Padmés sande forpligtelse til en fredelig opløsning var den største torn i Palpatines side gennem klonkrigene, så hvis Jedi havde fulgt hendes ledelse i stedet for at løbe i kamp sammen med en hær designet til at dræbe dem, ville ordenen ikke være faldet så let.
