Mens MCU er Avengers: Infinity War og Avengers: Slutspil bragte Marvels helte sammen i to af de største blockbusters nogensinde, Kaptajn Amerika: Borgerkrig gjorde det modsatte ved at opdele holdet i to modsatte fraktioner. Næsten hver Avenger til stede i MCU på det tidspunkt (bortset fra Thor og Hulk) dukkede op i filmen , men en håndfuld af disse helte var fraværende i den originale tegneseriebegivenhed.
Her er en liste over, hvem der var fraværende i tegneserieversionen af Borgerkrig sammen med årsagerne til deres fravær.
Hawkeye
I filmen havde Clint Barton trukket sig tilbage fra kriminalitetsbekæmpelse, men besvaret Captain America's kald uden spørgsmål. Hans tegneserie modstykke var på et meget andet sted på tidspunktet for Borgerkrig. Efter begivenhederne i House of M , som så Scarlet Witch ændre virkeligheden og derefter kun gendanne den for at udslette 90% af alle mutanter, blev Hawkeye antaget at være dræbt. Imidlertid blev Clint faktisk vendt tilbage til livet, da Scarlet Witch gendannede virkeligheden. Under borgerkrigens begivenheder boede Clint faktisk med Scarlet Witch.
Scarlet Witch
Efter hendes handlinger i Avengers: Adskilt og House of M Wanda blev hukommelsestilstand og boede i den lille landsby Transia nær Wundagore Mountain, hvor hun troede, at hun havde levet hele sit liv hos sin 'tante Agatha'. Hun og Hawkeye udviklede et intimt forhold, skønt han snart ville rejse for at blive Ronin.
Vision
Under begivenhederne i Avengers: Adskilt Vision mistede kontrollen med sin krop, frigav fire kugler, der ville blive nye versioner af Ultron, og smeltede derefter. Hans minder blev indarbejdet i en vigtig version af Kangs Iron Lad rustning og blev 'Jonas'. Denne yngre version af Visionen var hans egen enhed, der kæmpede sammen med Young Avengers.
Ant-Man (Scott Lang)
Virkningerne af Scarlet Witchs ødelæggelse i Avengers: Adskilt og House of M var vidtrækkende, da ødelæggelsen af Avengers Mansion blev anset for også at have dræbt Scott Lang, også kaldet Ant-Man. I virkeligheden blev Lang plukket fra palæet, før det blev ødelagt af sin datter Cassie Lang og Young Avengers. Holdet tog ham med i fremtiden og efterlod Avengers fra den tid til at tro, at han var omkommet med palæet.
Vintersoldat
På trods af hans centrale rolle i MCU's version af Borgerkrig, Vintersoldaten var overhovedet ikke til stede i den komiske begivenhed. Efter at have hjulpet Captain America med at afværge et terrorangreb i London flygtede Bucky i stedet for at møde sin gamle mentor og bad Nick Fury om beskæftigelse. Under krigen arbejdede Bucky undercover for Fury, men planlagde at hjælpe Captain America med at flygte, efter at hans overgivelse sluttede borgerkrigen. Captain America blev dog myrdet, og Bucky stjal Cap's skjold fra Tony Stark og tog kappen på Captain America op.
Ikke kun var heltenes rollebesætning i filmen og den komiske begivenhed anderledes, men de begivenheder, der opstod før og efter begge borgerkrige, er også drastisk forskellige. I tegneserierne forårsagede Scarlet Witchs handlinger fraværet af sig selv og tre andre helte, hvis tilstedeværelse kan have ændret resultatet af begivenheden. I filmen lærer Scarlet Witch bare omfanget af sine kræfter og har ikke et sammenbrud, længe efter begivenhederne i Borgerkrig . Også i filmen kæmpede alle disse helte, bortset fra Vision, på Captain America's side. Det er umuligt at vide med sikkerhed, men det kan være grunden til, at MCU's Cap ikke mødte en utidig afslutning i slutningen af arrangementet ligesom hans tegneserie-modstykke.
